InSite管理サイトで操作時に「SharePointサインインアカウントにフェデレーション方式認証が適用されています。」エラーが発生する場合、InSite管理者に設定している「SharePointサインインアカウント」にSSOやADFSなどのフェデレーション方式認証適用によりInSiteとの接続（SharePointへの基本認証）が阻害されている可能性があります。

こちらはInSite多要素認証設定にて回避できる可能性がありますので、
マニュアルの以下ページを参照のうえ設定をお試しください。
※全体管理者（共通管理者）での操作となります。

■マニュアル：【InSite管理マニュアル_オプション設定編（6. 多要素認証設定）】

上記ご対応いただいても改善しない場合には、弊社サポートデスクまでご連絡ください。

※設定の「SharePointサインインアカウント」や詳細がご不明な場合には、貴社InSite環境の全体管理者にお問い合わせください。
※InSite多要素認証設定の作業内（Azure 自動設定）でエラーが発生する場合には以下サポート情報をご確認ください。
https://discoveries.zendesk.com/hc/ja/articles/17068739205401